L'area della foce dell'Isonzo, rappresenta, nonostante le modeste dimensioni del sito, una zona di notevole interesse naturalistico per l'elevato grado di biodiversità che contiene. La grande varietà di forme viventi, rappresenta una caratteristica che dipende in larga misura dalla peculiare collocazione geografica al confine fra la fascia costiera alta e rocciosa del Carso goriziano e triestino e le basse e sabbiose coste padano-venete con le ampie spiagge di Grado e Marano, zone umide ed estese lagune.

Attualmente si raggiunge l'Isola della Cona superando la diga in cemento e terra costruita negli anni '30 al fine di sbarrare il ramo della Quarantía, che unisce l'isola alla terra ferma.
Superato quindi l'argine principale del fiume, si accede alla zona dei "Campi", un'ampia distesa di prati umidi temporaneamente allagati.

Parcheggiata l'automobile, dopo breve percorso a piedi si arriva al Centro Visite, dove si possono raccogliere le informazioni per una visita alla Riserva naturale consultare i pannelli messi a disposizione dei visitatori e raccogliere i depliant e il materiale informativo.

Dal centro visite, percorrendo a piedi un sentiero molto agevole, in 15 minuti circa si arriva all'Osservatorio della Marinetta che consente la vista sul ripristino e sulla ricca avifauna ivi presente. La vista spazia su un angolo di 360° e coglie diversi panorami: le barene, il Canale della Quarantía, il bosco degli Alberoni, i Campi e il bosco degli Ontani fino al golfo di Trieste con il Carso e la penisola istriana. E infine, nelle giornate serene, si possono scorgere lontane, sullo sfondo, le Prealpi e le Alpi Giulie.

Di seguito una breve presentazione degli ambienti presenti nella Riserva con alcune delle specie vegetali più caratteristiche.

Le paludi di acqua dolce, sono un'ambiente la cui estensione è stata molto ridotta per le grandi bonifiche agrarie; nel territorio della Riserva sono state ricostruite a partire dagli anni '90, a più riprese.
Le zone bonificate ed arginate dell'Isola della Cona sono state rimodellate attraverso scavi ed interramenti delle scoline preesistenti ed allagate con acqua piovana o di falda artesiana. Le paludi d'acqua dolce hanno una profondità variabile e sono gestite in modo da costituire un sito di rifugio e rifornimento per numerose specie di uccelli nei diversi periodi dell'anno. La vegetazione è costituita prevalentemente da canneti e praterie umide con varie specie erbacee.
Nel periodo estivo parte di questa vegetazione viene tagliata in modo da creare ampi spazi aperti per attirare in inverno gli uccelli acquatici.

Alcune zone della Riserva vengono gestite a pascolo con l'utilizzo di grandi erbivori
(cavalli Camargue e bovini).
Dopo il progressivo abbandono del pascolo, l'evoluzione spontanea della vegetazione stava portando l'area ad un progressivo aumento dei canneti e dei boschetti ripariali. La gestione della Riserva favorisce la naturale tendenza in alcune zone, in cui viene impedito l'accesso al bestiame, mentre in altre la reintroduzione del pascolo ha permesso di incrementare la diversità e l'abbondanza delle specie vegetali ed animali. In queste zone si trovano alcune rarità floristiche, incluse nella Lista Rossa delle specie Italiane, come l'aglio odoroso (Allium suaveolens) e la piantaggine di Cornut (Plantago cornuti).

In altre aree della Riserva vengono invece mantenuti dei prati stabili, che vengono falciati regolarmente.

Gli interventi di bonifica effettuati nel corso dei secoli e fino a pochi decenni orsono nella bassa pianura monfalconese, hanno portato anche alla drastica riduzione dei boschi planiziali: originariamente infatti vaste zone acquitrinose della pianura erano ricoperte dai boschi, che ora si trovano ridotti a piccoli lembi.
Il Bosco Grande e il Bosco Alberoni, sebbene rimaneggiati, sono ambiti preziosi perchè costituiscono i resti di tali ambienti sia dal punto di vista vegetazionale che faunistico.

Altri ambienti boscati, all'interno della Riserva, sono le golene, i territori compresi tra il corso del fiume e l'argine. Nelle golene crescono principalmente il Salice bianco (Salix alba), l'Ontano nero (Alnus glutinosa) e vari pioppi. Le fasce marginali della golena e gli argini sono densamente ricoperti da rovi e a volte invasi anche da specie infestanti originarie dell'America settentrionale come la Robinia (Robinia pseudoacacia) e l'Amorfa (Amorpha fruticosa).
I boschi golenali sono molto importanti per gli uccelli, sia durante il periodo delle migrazioni che durante la nidificazione.

Ambienti invece legati al mare sono le barene: sono chiamate così le aree emerse lungo le coste, ricoperte da una vegetazione bassa e sommerse solo eccezionalmente dalle alte maree. Questi ambienti sono caratterizzati da un alto tenore salino che condiziona la presenza di specie vegetale dette "alofile", che sono cioè adattate a sopportare la salinità dell'acqua, come il limonio (Limonium narbonense), il giunco marittimo (Juncus maritimus) e le salicornie. L'acqua marina penetra nelle barene attraverso dei canali tortuosi edi dimensioni variabili. Durante l'alta marea, le barene meno disturbate sono utilizzate come posatoi e dormitori per diverse specie, fra cui il chiurlo maggiore e l'airone cinerino.

I fondali marini, ciclicamente scoperti dalle maree, sono detti velme e rappresentano quasi un terzo dell'intera superficie della Riserva. Le velme sono in parte coperte dalle praterie di zostera nana (Zostera noltii) o da alghe, oppure presentano superfici di fango nudo o, in prossimità della foce, anche di sabbie fini. In questi ambienti vivono numerose specie di invertebrati che rappresentano il cibo preferito degli uccelli limicoli.

Le zone di transizione tra le velme e le barene sono spesso colonizzate da fasce di sparto delle barene (Spartina maritima).

Andando in direzione della foce si incontra il grande canneto di Punta Sdobba, chiamato "Caneo"; il canneto è bagnato delle acque dolci dell'Isonzo e da quelle salate del mare: a causa del diverso livello di salinità, l'altezza e la densità delle canne è maggiore nelle zone più vicine al fiume e minore nelle aree attraversate da canali comunicanti con il mare, dove la cannuccia di palude (Phragmites australis) viene gradualmente sostituita dalla lisca marittima (Scirpus maritimus).
Altri canneti di minore estensione ma di elevato interesse naturalistico, si sviluppano lungo la parte finale della riva sinistra del fiume, nel ripristino ambientale dell'Isola della Cona e in poche altre zone con la presenza di paludi d'acqua dolce. Questi ambienti sono luoghi esclusivi di riproduzione di varie specie di uccelli.

Nella parte settentrionale della Riserva, dalla confluenza con il Torre e a sud fino al ponte sulla strada Monfalcone - Grado, il corso dell'Isonzo è caratterizzato da estesi tratti di ghiaie e sabbie, visibili nei periodi di magra del fiume. Nelle zone più alte di queste isole si sviluppano spesso fitti saliceti, capaci di resistere alla forza del fiume.