L'area che circonda la foce dell'Isonzo ha subito nei secoli notevoli modificazioni causate da eventi naturali e dagli interventi dell'uomo, in un'alternanza fra periodi di gestione del territorio e di abbandono dell'area.
In epoca preistorica, il corso del fiume, era regolato esclusivamente dalle forze della natura e sfociava in un ampio tratto dell'Adriatico con un delta molto ramificato ma già in epoca romana furono effettuate le prime importanti opere di bonifica e di drenaggio dell'area, al fine di rendere coltivabili e abitabili i territori che circondano il fiume.

Con il declino dell'Impero Romano e con l'abbandono delle opere di gestione del territorio, la zona subì una progressiva trasformazione in una palude, invasa sia dalle acque del fiume che da quelle del mare.
Solo molti secoli dopo, durante l'Impero Austro-Ungarico, venne effettuato un massiccio intervento di bonifica con una fitta rete di canali che seguivano le direttrici delle antiche opere romane.
Alla fine del 1800, per proteggere dalle acque marine le terre bonificate, si iniziarono le opere di arginatura, tuttora esistenti, lungo l'arco costiero fra Monfalcone e Grado che hanno trasformato quell'area in un polder, cioè in un terreno agrario posto sotto il livello del mare.

Fino agli anni '50, il delta del fiume veniva arricchito continuamente dai detriti sabbiosi trasportati dal fiume e così si opponeva efficacemente alle mareggiate e alle correnti marine, rallentando l'avanzata dei processi erosivi costieri ma durante gli anni '60 e '70 iniziò a verificarsi una diminuzione degli apporti solidi dell'Isonzo e quindi un rallentamento nell'accumulo dei detriti sabbiosi alla foce: il fiume, a questo punto, non era più in grado di opporsi all'azione erosiva del mare e si rese necessario il contributo costante dell'uomo mediante interventi di gestione.
Nel 1978 è stato riconosciuto come meritevole di tutela, l’intero tratto italiano del fiume Isonzo e, a partire dagli anni '90, riconosciuto il notevole valore biologico del territorio, sono stati effettuati degli interventi di tutela e recupero naturalistico: la nuova situazione ha incrementato notevolmente il numero delle specie legate agli ambienti umidi, fra cui l'avifauna rappresenta la parte più notevole.

L'area protetta è stata istituita nel 1996.

Attraverso gli interventi di ripristino effettuati, è stata destinata a zona umida una parte significativa del territorio italiano, come stabilito dalla Convenzione Internazionale di Ramsar, cui anche l'Italia ha aderito.
La Convenzione Internazionale di Ramsar è una delle cinque convenzioni internazionali fra Stati, con lo scopo di garantire una particolare tutela della fauna selvatica attraverso una gestione del patrimonio naturale più ampia: è stata stipulata per assicurare una tutela particolare alle zone umide con caratteristiche di habitat idonee alla sosta e alla nidificazione degli uccelli migratori, che rappresentano un patrimonio di valore internazionale e per arrestare l'intervento disordinato dell'uomo.